基础体温以其特有的曲线规律，间接地反映出妇女卵巢的功能变化。因而在临床上依据此曲线规律作为诊断和治疗某些妇科疾病的依据之一。其意义具体如下。
1)从基础体温变化规律，可了解有无排卵，从而可以指导避孕，也可以使不孕患者正确地掌握受孕时机。对于功能性子宫出血者，也可从体温曲线变化来区分出血的类型，即有排卵性，或无排卵性，还是排卵期出血。还可以从黄体期的长短，体温上升的幅度，以及下降的时间，推算黄体功能是否健全。黄体期基础体温在高水平线上，正常为12～16天，如不足12天则为黄体过早萎缩。黄体期体温上升幅度不足0.4℃(正常为0.4～0.6℃)，但持续时间正常，则为黄体发育不良，黄体酮分泌不足。
2)鉴别闭经的类型：闭经且有良好的双相基础体温曲线，则病变在子宫，如子宫结核、宫腔粘连等。如基础体温持续单相形，则病变部位可能在卵巢、垂体或丘脑。
3)预测早孕：若黄体期延长，基础体温不下降，是诊断早孕的依据之一。若黄体期超过16天，则诊断早孕正确率为97%，若以超过20天为诊断标准，则正确率为100%。
4)此外尚可用作诊断先兆流产，对黄体功能不健全与多囊卵巢综合征患者术后及对无排卵者等治疗效果的观察等，这些均以系统观察基础体温为参考。