根据上述职责，区委城管工委和区城管委设 18 个内设机构。
其中：区委城管工委内设机构 3 个，区城管委（区环境办、区水务局、区交通委）内设机构 15 个。
（一）区委城管工委内设机构
1.工委办公室
负责本领域党的建设综合协调工作;负责工委重大决策、重要工作部署的贯彻落实和督促检查；负责工委重要文稿的起草工作；负责工委各类会议的组织和落实工作；负责机关及所属单位的群团、统战、工会、精神文明建设及计划生育等工作；负责工委机关日常事务工作；承办工委交办的其他事项。
2.组织科( 主体责任办）
承担协调服务区委城管工委、区城管委（区环境办、区水务局、区交通委）落实党风廉政建设主体责任的相关工作；按照工委决定，负责本领域处级领导班子和处级干部队伍建设的相关具体工作；研究拟定本领域科级干部队伍建设规划，统筹科级干部的教育培养、考核考察及跨部门轮岗交流的具体工作；承担本领域科级干部选拔任用方案审核、过程监督、结果备案的具体工作；统筹本领域党的政治建设、思想建设、组织建设、作风建设和纪律建设并进行监督、检查、考核，把制度建设贯穿其中，深入推进本领域反腐败斗争；负责机关及所属单位的人事、机构编制、教育培训、离退休干部管理与服务工作。
3.宣传调研科
负责党的路线、方针、政策在本领域的宣传贯彻；统筹本领域开展宣传报道和新闻发布工作；统筹本领域开展城市综合管理相关重点课题调查研究工作；负责机关及所属单位对内对外宣传、新闻发布及信息报送工作；负责组织机关及所属单位开展重点课题调查研究；承担相关文稿的起草；制定政治理论学习计划，负责组织工委中心组理论学习；组织有关地方志、年鉴的编纂工作。
（二）区城管委（区环境办、区水务局、区交通委）内设机构
1.综合协调办公室
承担对区环保局、区园林绿化局、区民防局（区地震局）、区城管执法监察局、区城管监督指挥中心、区环卫中心等城管系统各归口管理部门的指导、协调、监督、检查、考核等具体工作；负责统筹协调城管系统开展城市综合管理相关工作；负责建立和完善对城管系统加强管理的工作制度和考核体系并组织实施，对城管系统各部门落实本区城市综合管理工作进行督导、检查和考核；负责相关重要文稿的起草工作；负责城管系统各类会议的组织和落实工作；负责城管系统综合协调工作。
2.行政办公室
负责机关政务工作；负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、信访、建议、议案、提案、保密、政府信息公开、行政后勤管理等工作；负责财务、资产管理、内部审计等工作；负责城市管理财政预算运维资金的统筹管理工作；负责重要文稿的起草工作；负责重要事项的组织和督查工作；负责所属单位的行政事务管理及目标考核工作；负责安全应急管理工作；负责相关突发事件应急处置的指挥协调；负责重大活动的有关保障工作；配合有关部门对本系统发生的伤亡事故进行调查处理以及对重大事故进行治理消除等工作；承担石景山区城市公共设施事故应急指挥部办公室的日常工作。
3.综合整治办公室
负责本区市容环境整治管理工作；拟订本区城市环境综合整治计划并组织实施；督促、检查、指导、协调区属单位开展环境综合整治工作。
4.环境建设办公室
拟订本区城市环境建设规划和年度计划并组织实施，督促检查城市环境建设年度计划、治理等工作任务的落实;负责重大环境建设项目的调研、论证、立项、招投标、实施、验收、审计等工作；负责本区环境建设的综合协调工作; 负责区内公共设施建设项目与周边环境协调性评估；负责环境建设发展研究论证工作；负责环境建设年度考评，督促指导各驻区单位做好环境建设和管理工作；负责统筹协调各成员单位开展应急环境整治工作；承担区城市环境建设管理委员会办公室的日常工作，负责组织监督落实区城市环境建设管理委员会议定事项。
5.市容环境办公室
负责拟订本区市容环境卫生事业发展中长期规划和年度计划，并组织实施；负责区政府投资的环卫设施或非经营性建设项目的可行性研究、申报立项、组织实施和竣工验收；负责环卫设施专项维护费计划申报，并组织实施；负责指导协调、监督、检查全区市容环境管理工作；负责环卫行业管理工作；负责市容环境卫生清扫保洁管理和公厕管理；负责区管道路两侧绿化带的环境卫生管理工作；负责依法行使再生资源的行业监督管理职能；负责管理本区生活垃圾、餐厨垃圾、粪便、渣土等固体废物分类、收集、运输、处置和设施建设工作；承担区党政机关及窗口单位垃圾分类领导小组办公室的日常工作；负责夜景照明规划管理工作；负责全区户外广告管理工作；负责涉及市容市貌等事项的行政许可；承担区扫雪铲冰指挥部办公室的日常工作；负责市容、环卫、户外广告等安全方面的审核、管理、保护和检查。
6.供热管理办公室 （燃气管理办公室）
负责本区供热行业协调管理工作；参与制定本区供热发展规划，参与重要供热项目的设计审查和工程验收；监督检查供热企业的安全管理和服务工作；负责供热企业的备案管理工作。负责本区燃气行业的监管工作；参与制定本区燃气发展规划，参与重点燃气供应项目的设计审查和工程验收；监督检查燃气企业安全和服务工作；负责燃气行业相关行政许可。
7.法制审批科
负责有关法律法规的宣传、教育工作；负责机关推进依法行政综合工作；负责行政执法工作的监督、指导和协调；负责行政许可事项的受理、督办及相关信息公开工作；负责行政复议、应诉的有关工作。
8.计划建设管理科
编制本区水务中长期发展规划及年度计划并组织实施；组织水务项目规划和前期工作；组织本区水务工程的建设与管理工作；承担水务建设市场的监督管理；负责指导区属河道和水库、水闸、堤防等水务工程设施的运行管理；负责本区水务突发事件的应急管理工作；负责水务工程安全生产的监督管理工作；承担水务建设管理方面的行政许可工作；负责水务社会化服务体系建设与管理工作；负责本区水土保持工作；负责水务综合统计工作；负责水务工程档案整理工作。
9.水资源管理科
承担本区水资源的统筹管理与配置、调度工作；编制水资源保护规划、年度用水计划和水量分配方案；承担水资源论证、取水许可、凿井许可等行政许可事项；负责水功能区的划分并监督实施；监督饮用水水源保护和水生态保护工作；组织征收水资源费；组织本区水行政执法监督工作；承担水文管理有关工作；负责水务信息化工作；负责水务科研、专业培训等工作；负责指导本区管水员队伍的管理工作；负责有关地方志、年鉴的编纂工作。
10.排水管理科
承担本区排水和再生水利用的行业管理；组织编制排水和再生水利用发展规划和年度计划并监督实施；监督管理公共排水和再生水利用设施的安全运行；负责全区排水行政许可事项；组织征收污水处理费；配合市、区有关部门开展水系治污工作；负责污水治理技术的推广应用和宣传工作。
11.河长制工作科（加挂供水节水管理办公室牌子）
承担区河长制办公室的日常工作，具体负责研究拟订区河长制工作的规划计划、政策研究及建议；协调解决河长制推进中的重点难点问题，组织开展督导、培训、检查及考核；编制各类方案和计划，建立健全规章制度和台账资料，明确各类管理和督察督办要求；承担区级河长会议，落实市、区级河长确定的事项；拟定并分解河长制年度目标任务，监督各项任务落实并组织考核验收，督办群众举报涉河（水库、塘坝）案件。承担本区供水行业的管理；编制供水发展规划、年度计划和供水应急预案并监督实施；拟订供水行业的政策并监督实施；监督管理公共供水单位及自建设施供水单位的供水水质和安全运行；指导、监督供水行业的服务质量；负责本区节约用水工作；编制本区节水中长期发展规划和年度工作计划并组织实施；负责节约用水宣传工作；组织征收超计划加价水费；组织本区雨水利用工作；承担建设项目节水设施设计方案的审查与验收；负责指导用水单位实施设施改造工作；负责节水技术、设备、经验的推广应用工作。
12.交通综合科（加挂交通战备办公室牌子）
负责组织编制本区综合交通中长期发展规划和专项规划；负责统筹协调本区交通运输管理工作，负责本区个体出租的管理工作；负责统筹协调本区交通秩序管理工作，制定本区缓解交通拥堵工作方案，组织实施本区交通专项疏堵工作；负责本区静态交通管理，监管本区经营性停车企业服务工作，组织区域停车设施、公交场站规划建设；参与拟订重大活动和节假日的交通运输保障方案，并组织实施；承担区交通工作领导小组办公室日常工作；负责本区交通战备工作；负责本区铁路监护道口的管理工作。
13.市政工程办公室
负责组织编制本区交通基础设施建设的中长期发展规划、专项规划和年度建设计划并组织实施，提出本区交通发展的建议和措施；负责本区地下管线、地下输油（气）管线、城市地下检查井及井盖设施的协调或管理；负责制定架空线入地年度计划并组织实施；负责本区地下综合管廊规划、建设和运营的综合协调管理职责，负责地下综合管廊运营的监督管理职责；负责全区路灯等公用事业的协调工作。
14.道路设施科
制定区管城市道路、桥梁及其附属设施养护维修的中长期规划和年度计划，并组织实施；负责区管城市道路、桥梁养护专项费用计划申报并组织实施；负责涉及路政行政许可事项的核准；负责本区城市次干路和支路及其附属桥梁养护维修的监督管理；负责本区道路的接养工作；指导社区道路建设、养护方面的工作；参与本区交通基础设施防灾救灾有关工作。
15.电力煤炭管理科
负责电源点的行业管理；监测分析能源经济运行态势，组织建立能源综合信息监测体系；提出能源经济预警措施及建议，协调解决能源经济运行相关重大问题。负责电力行业管理和监督工作；组织实施电力、煤炭行业规范和技术标准，并承担相应的监督管理责任；协调解决电力、煤炭行业的有关重大问题；负责新能源汽车充电桩（站）的建设和运营管理职责；负责本区及供电企业的安全教育和监督管理工作；配合有关部门对全区生产经营单位因用电引发的火灾和伤亡事故进行调查处理，及时对重大供电事故隐患进行治理消除；负责区电力事故应急指挥部办公室的日常工作。